Con su triunfo en la Presidencia y las votaciones por el Congreso federal en 2018, Morena también inclinó a su favor los criterios del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF).

En el último año, ese partido ha obtenido al menos ocho resoluciones a su favor apoyadas por una mayoría encabezada por el presidente del Tribunal, Felipe Fuentes, y los magistrados electorales José Luis Vargas, Mónica Soto y Felipe de la Mata.

Dichas resoluciones le han permitido lograr mayoría en el Congreso federal y en congresos locales, así como salvar multas e incluso saldar conflictos internos.

Aunque el Tribunal comenzó a emitir sentencias en favor de Morena a menos de dos meses del 1 de julio de 2019, fue con la llegada de Felipe Fuentes a la Presidencia -en sustitución de Janine Otálora- que se aceleraron este tipo de resoluciones.

Una de las más trascendentes fue la del 28 de agosto de 2018, cuando el Tribunal confirmó la asignación mayoritaria de diputados de representación proporcional en favor de Morena y sus aliados PES y PT, que en realidad estaban representados por militantes morenistas.

Dichas diputaciones sirvieron para darle mayoría definitiva a Morena en el Congreso arguyendo que habían participado en una coalición y así lo manifestaba el convenio entre las partes.

El 20 de marzo de 2019 el Tribunal le negó el registro al PES, pues en caso de haberlo favorecido se habría afectado la composición de la mayoría legislativa en la Cámara de Diputados. Esta controversia llegó a la Sala Superior del Tribunal el 4 de octubre de 2018 y un primer proyecto le otorgaba su registro, pero el caso fue congelado 4 meses y finalmente se resolvió en contra.

También el Tribunal revocó, el 31 de agosto de 2018, una multa impuesta por el INE al fideicomiso creado por Morena para apoyar a damnificados del sismo de 2017. En lugar de retornar el asunto al INE, el Tribunal revocó la multa y perdonó a Morena.